Mengingat bahwa kebutuhan pelaut (yang bersijazah ANT-IV dan ATT-IV) dewasa ini masih sangat banyak, bahkan tidak seimbang antara permintaan dari dunia industri dengan lulusan SMK-SMK Pelayaran yang ada (sumber KPI 2003) oleh karena itu SMK Pelayaran Samudera Cilacap Didirikan.
Selain itu sekolah ini didirikan untuk membantu program pemerintah dalam mengurangi pengangguran melalui penyediaan tenaga kerja pelayaran yang dibekali dengan kompetensi-kompetensi yang dibutuhkan sehingga mampu bersaing di bursa kerja pelayaran nasional maupun internasional sebagaimana diminta oleh IMO (International Maritime Organization) pada Konvensi Standard of Training Certification and Watchkeeping for seafers (STCW) 1978 amandemen 2010.
SMK Pelayaran Samudera Cilacap secara formal berdiri dengan SK Bupati No. 521.5/106/07/04, yang didirikan oleh orang-orang yang menguasai ilmu dibidangnya yang meliputi kalangan TNI AL, Perwira pelaut yang berpengalaman, dan Praktisi Pendidikan. Secara geografis letak dari SMK Pelayaran Samudera sangat strategis untuk melaksanakan Diklat Kepelautan karena berada di daerah dekat laut dan Pelabuhan-pelabuhan, diantaranya Pelabuhan Tanjung Intan Cilacap serta Pelabuhan Perikanan Nusantara Cilacap.