SMK Pelayaran Putra Samodera Yogyakarta berdiri tanggal 23 Mei 1976, didirikan oleh Yayasan Hasta Budaya Yogyakarta yang dahulu bernama Sekolah Kemaritiman (SKS-VI) Yogyakarta.
SMK Pelayaran Putra Samodera Yogyakarta mempunyai Bidang Keahlian Kemaritiman dan Konsentrasi Keahlian Nautika Kapal Niaga dan Teknika Kapal Niaga.
Nautika Kapal Niaga mencetak lulusan Taruna-taruni sebagai Perwira bagian Deck dengan tugas utama membawa kapal dari suatu tempat ke tempat lain yang dituju dengan selamat, dengan jabatan tertinggi sebagai Kapten Kapal atau Nakhoda.
Teknika Kapal Niaga mencetak lulusan Taruna-taruni sebagai Perwira bagian mesin dengan tugas utama memastikan seluruh permesinan kapal dapat digunakan dalam pelayaran, dengan jabatan tertinggi sebagai Kepal Kamar Mesin.